שביל ישראל באיזור הדרום מתחיל באיזור הר עמאש בסמוך לערד, עובר דרך מדבר יהודה, ים המלח המכתשים, ערבה הרי אילת ומסתיים בעיר אילת. באיזור הדרום תמצאו את הכי הרבה מקטעים, 26 מקטעים לשביל ישראל: כל מקטע הוא באורך שונה ודרגת הקושי שלו שונה. כמובן שבכל רגע נתון ניתן להפוך את המקטעים לקצרים יותר לפי היכולת שלכם ובכך להאריך את כמות המקטעים סך הכל. להלן פירוט על מקטעי שביל ישראל בדרום: